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首先，CT和磁共振对不同部位的敏感性不同，因为它们的成像原理不同。CT主要是密度分辨率比较高， 所以对诸如骨组织，钙化等密度比较高的组织敏感性较好，而对软组织显示效果不如骨组织。举例说明，如果是骨折涉及到关节的话，如膝关节，髋关节，肩关节等等，往往既需要拍CT看看骨质骨折的情况，也需要做磁共振看看关节周围的软骨，韧带,肌肉,肌腱，血管及神经的损伤情况。
CT和磁共振对不同病理改变的特异性（即诊断准确性）不同。由于CT和磁共振原理不同， 所以对不同病理组织的特异性不同。比如，对于脑中风的患者，往往同一个临床症状既可能是脑出血，也可能是脑梗死，但是，急性脑出血在磁共振上显示的并不是很准确，而在CT上一眼就能诊断脑出血，同理，急性脑梗死在磁共振上也是一眼就诊断确切，所有为了更明确的诊断以进行进一步的治疗，需要这两个检查都做来判断到底是急性出血还是梗死。再比如，如果有的人因为头疼去医院，常规可能去拍个头CT，因为CT相对于磁共振比较便宜，可以用于筛查，但结果发现颅内有个肿块，那接下来当然需要再做磁共振，对这个肿块的范围，大小，良恶性来进一步判断，有时候可能还需要做增强。
二者可以互相补充，为了更准确而全面的诊断。比如，最常见的腰椎间盘突出，如果做腰椎CT的话，能够很直观的看到椎管的狭窄程度，椎体及小关节的增生程度，而磁共振可以看到突出的椎间盘对脊髓和神经根的压迫以及周围韧带增厚的情况，综合评价病情为进一步治疗提供方案。
以上的举例相对来说都是比较简单容易理解的例子，而在临床工作中，往往会遇到更复杂的情况，经常需要综合CT和磁共振的检查结果，对病变的成分，范围及周围情况等进行更详细的了解，才能对病变的诊断更加准确，对下一步的治疗才更加有指导意义。
不是大家想象的那样一步到位，这是两种辅助检查，能够清晰显示的结构不同，但目的是为了让病情更全面的呈现在大夫面前，从而对下一步的治疗更有的放矢。就好比盲人摸象，有的人只摸到了腿，有的人摸到了背，那么CT和磁共振就相当于，一个对大象的腿显示相对敏感，一个对大象的背显示敏感，如果两个检查都做了，这样基本上一个大象的轮廓就能呈现在你面前了。
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